睡莲主要的病害有叶腐病和炭疽病；
叶腐病
（1）以采收时清除病残株，将将其深埋或集中烧毁，以减少菌源。
（2）发病初期喷洒50｛bf｝多菌灵可湿性粉剂800倍液或70｛bf｝甲基硫菌灵可湿性粉剂800倍液或30｛bf｝碱式硫酸铜悬浮剂500倍液，隔l0d左右喷1次，连喷2~3次。
炭疽病
（1） 生长季节收集病残物深埋或烧掉。
（2） 施足腐熟有机肥，适时适量追肥，做到有机肥化肥相结合，氮肥与磷钾肥相结合。
（3） 及时拔除病株并喷洒50｛bf｝多菌灵可湿性粉剂600 倍液、75｛bf｝百菌清可湿性粉剂600 倍液、36｛bf｝甲基硫菌灵悬浮剂500 倍液、50｛bf｝多菌灵可湿性粉剂1 500 倍液或80｛bf｝炭疽福美可湿性粉剂800 倍液，隔l0 d 左右喷1 次，连喷2～3 次。
睡莲主要的虫害有小萤叶甲虫和睡莲缢管蚜；
小萤叶甲虫
小萤叶甲虫是一种毁灭性害虫，成虫在靠近池边的植被中越冬，春末在叶表产卵，1季可产生2~3代，此时可用水冲洗叶面，这样成虫及蛹掉入水中，被鱼吞食。一旦幼虫为害，可用1200倍液敌杀死喷杀。
睡莲缢管蚜
这种蚜虫为害许多叶片柔软的水生植物，尤其在夏季是高发期，侵害叶片及花茎，导致花色变化。其卵在李属植物上越冬，特别是在梅花及山楂树上，稀在樱花树上越冬，应避免在水边大片栽植李属植物，或在冬季用焦油冲洗这些寄主植物，亦可用水笼头冲洗叶片，喷洒杀虫剂等。